Powierzchnia Kotliny Hrubieszowskiej ostatecznie ukształtowała się w okresie czwartorzędu (pocz. ok. 1,8 mln lat temu). Dominują tutaj tereny o rzeźbie lekko falistej i pagórkowatej, o minimalnym nachyleniu stoków. Skała budująca podłoże jest podatna na działanie chemiczne, co wpływa na tworzenie się form krasowych, licznych w części południowej tzw. wymoków okresowo podmokłych.
Padół Zamojski stanowi rozległe obniżenie, ograniczone wyraźnymi krawędziami otaczających go garbów o kierunku ze wschodu na zachód i wzgórza ostańcowe. Garby te oddzielają rozległe suche doliny o bardzo łagodnych zboczach. Obniżenie Padołu Zamojskiego odpowiada strefie mało odpornych margli i wapieni mastrychtu, ubogich w krzemionkę i łatwo ulegających krasowieniu.
Grzęda Sokalska charakteryzuje się pagórkowatą rzeźbą terenu. Występuje na niej kilka podłużnych lessowych garbów o przebiegu równoleżnikowym na kierunku wschód-zachód, porozdzielanych głębokimi wąwozami, o bardzo stromych zboczach oraz krawędzie i załomy wyżyn. Pomiędzy garbami występują szerokie doliny.
Na utworach lessowych zalegających tu grubą warstwą wykształciły się w okresie subborealnym gleby typu czarnoziemów. Występują one obecnie w centralnej i północnej części Kotliny Hrubieszowskiej oraz na Grzędzie Sokalskiej, a więc prawie na całym obszarze gminy Komarów-Osada. We wschodniej i północno wschodniej części gminy występują także gleby brunatne, a w dolinach rzek również torfowo-bagienne.
Największa wyniosłość występuje na Grzędzie Sokalskiej, w Hucie Komarowskiej i osiąga wys. 315,6 m n.p.m., najniższej położony teren występuje w Kotlinie Hrubieszowskiej w miejscowości Dub i osiąga poziom 198,6 m n.p.m.
Ocieplenie klimatu i zmniejszenie opadów w okresie subborealnym (ok. 3200-2300 p.Chr) miało duży wpływ na faunę i florę tego regionu. Niektóre gatunki drzew nie utrzymały się w takim klimacie i zostały wyparte przez gatunki ciepłolubne.
W wyniku tych przemian znacznie zmniejszyła się powierzchnia lasów dębowych, poszerzył się natomiast zasięg buka, cisa, jodły, sosny i świerka. Ptactwo wodne utraciło dogodne warunki bytowania, natomiast rozwinęła się fauna klimatu kontynentalnego.
Ważnym elementem dla rozwoju środowiska przyrodniczego jest sieć hydrograficzna i rzeźba terenu. Przez środek gminy, z zachodu na wschód przepływa rzeka Sieniocha, lewo-brzeżny dopływ Huczwy, do której wpadają mniejsze cieki wodne. Źródliska rzeki znajdują się na pograniczu Antoniówki i Wolicy Śniatyckiej. Południowo-zachodnią część gminy odwadnia rzeka Kryniczka, prawobrzeżny dopływ Wieprza. Ponadto w południowo-wschodniej części gminy występuje bezimienny ciek, dopływ Huczwy, który swoje źródło posiada we wsi Kraczew.
Rzeźba terenu jest równinna i raczej jednostajna w obrębie Kotliny Hrubieszowskiej i Padołu Zamojskiego, lecz bardzo pofałdowana, tworząca liczne garby terenowe na terenie Grzędy Sokalskiej. Obszar Gminy Komarów-Osada znajduje się pod wpływem klimatu kontynentalnego. Charakterystyczne dla tego klimatu są mroźne zimy i gorące lata. Roczna ilość opadów wynosi średnio ok. 600 mm. Przeważają deszcze letnie, mające charakter krótkich, gwałtownych lokalnych ulew. Ważną cechą istniejącego tutaj klimatu jest występowanie dużej ilości dni słonecznych dochodzących do 38% w roku. Powierzchnia lasów na terenie gminy jest niewielka i wynosi ok. 7 % powierzchni. Niewielkie lasy występują tylko w okolicach Duba, Śniatycz i Wolicy Śniatyckiej.